משרדיה הראשונים של החברה נפתחו ב-1932 ברחוב בוטרוס ביפו, לא רחוק מנמל יפו. בשנת 1936, בזמן מאורעות יפו, העבירה החברה את משרדיה לרחוב אלנבי בת"א ומאוחר יותר הקימה אלאלוף גם סניף בחיפה. מתחילת שנות השמונים מטה החברה ממוקם במבנה עצמאי ברחוב אנגל 6 תל-אביב, עם סניפים בחיפה, אשדוד ואילת.
השנים הראשונות
טרם הקמת מדינת ישראל ועל רקע מלחמת העולם השנייה, העלתה אלאלוף אלפי עולים, רובם מעפילים ממדינות אירופה דרך סלוניקי לנמל יפו.
גם לאחר הקמת המדינה המשיכה אלאלוף להעלות יהודים לישראל, בהם עולים ממרוקו,מטוניס ומאלג'יר. אלה התרכזו בעיר מרסיי, עלו על ספינות החברה והפליגו לארץ. מאוחר יותר העלו האוניות של אלאלוף גם יהודים ממצרים ומרומניה.
אלאלוף חלוצי התעופה בישראל- עם קום המדינה חברה אלאלוף לחברת התעופה הבלגית Cobeta שהייתה לחברת התעופה הראשונה שהגיעה לישראל. בשנת 1960 הקימה אלאלוף בשיתוף עם בעלי אוניות מיוון קו נוסעים לארץ.
ג'קי אלאלוף, נשיא קבוצת אלאלוף, "נולד לתוך העסק המשפחתי". בתקופה בה ניהל את החברה התפתחו עסקי החברה וקשריה המסחריים הבינלאומיים והפכו אותה לחברה הפרטית מהמובילות בארץ בעסקי הספנות והשירותים המשלימים בשינוע ימי ואווירי.
אחרי מלחמת ששת הימים,החלה אלאלוף לעבוד עם חברת גרימלדי האיטלקית. במשך השנים התפתח שיתוף הפעולה העסקי עם גרימלדי לקווים נוספים מסקנדינביה, בלגיה, ספרד, איטליה, מערב הים התיכון, דרום אמריקה ומערב אפריקה. בתחילה שימשה חברת אלאלוף כסוכנת של גרימלדי בתחום הובלת כלי הרכב ועם השנים החלה להוביל גם מכולות לישראל וממנה והייתה בין החלוצים בתחום זה בישראל.
החברה מחלוצות ההובלה הימית של כלי רכב באמצעות אוניות מעברות, יזמה את הפניה לוועד להנחלת הלשון בירושלים שהעניק לאוניות אלו את שמן העברי "אוניות גל-נוע".
ההתפתחות העסקית
משנות השמונים הפכה אלאלוף מחברה לקבוצת חברות המונה, תשע חברות בנות המספקות פתרונות לוגיסטיים מלאים ללקוחותיה בתחומי השילוח הבינ"ל, עמילות המכס, הובלה יבשתית ואווירית, מסופי מטענים, תיקוני מכולות, אחסון מכולות ריקות ובניית מבנים ממכולות.
